Šimonytė sinh ra ở Vilnius với cha là kỹ sư xây dựng dân dụng và mẹ là Danutė Šimonienė, nhà kinh tế học.[2] Bà chuyển đến quận Antakalnis của Vilnius với cha mẹ mình vào năm 1984, nơi bà đã trải qua phần lớn thời thơ ấu và trưởng thành. Năm 1992, Šimonytė hoàn thành chương trình học tại Trường trung học Vilnius Žirmūnai, nơi bà được công nhận và trao giải cho kỹ năng học tập về toán học.[1]

Sau khi tốt nghiệp, bà đăng ký vào Khoa Kinh tế tại Đại học Vilnius, tốt nghiệp với bằng quản trị kinh doanh vào năm 1996. Sau đó, bà trở lại trường và nhận bằng thạc sĩ kinh tế vào năm 1998.[1]